El Instituto de Investigación de la Universidad Nacional de Cañete, bajo la dirección del Dr. Oscar Fernando Alegría Cueto, impulsa la generación de conocimiento científico, tecnológico y humanístico orientado al desarrollo sostenible de la región y del país. Promueve la investigación de calidad mediante la formación de investigadores, el fortalecimiento de líneas estratégicas y la articulación con sectores productivos y sociales. Asimismo, fomenta la innovación, la ética científica y la difusión de resultados que contribuyan a la solución de problemáticas locales y nacionales.